Dalam rangka ikut serta berperan aktif dalam penyiapan dan pengadaan sumber daya manusia (SDM) yang berkualitas dengan dasar pengetahuan manajemen dan ilmu komputer yang memadai, maka pada tahun 1991, Yayasan Widya Cipta Dharma Samarinda mendirikan Akademi Manajemen Informatika dan Komputer (AMIK) dengan status terdaftar untuk program Diploma Tiga (D3), Program Studi Manajemen Informatika (MI), serta Short Course satu tahun untuk program studi Perbankan dan Akuntansi. Untuk pertama kali sebagai pengelola akademik ialah:

Direktur : Prof. Ir. H. Rachmad Hernadi, M.Sc.
Pembantu Direktur I : Drs. Djoko Setyadi, M.Sc.
PembantuDirektur II : Drs. A. Husainie Syahranie, M.Com.
PembantuDirektur III : Drs. H. MulyadiSy.P., MBA.

Kuliah pertama diikuti oleh 350 orang mahasiswa. Kegiatan kuliah ini sementara menggunakan Gedung SMA Widya Praja, Jl. Langsat Samarinda, sedangkan untuk praktek laboratorium dilaksanakan di dua tempat, yaitu di Lab. Komputer ALTEDCOM, Jl. Diponegoro no. 7 dan Lab. Komputer AEC KOMPUTER, Jl. Dr. Sutomo Samarinda.

Waktu berjalan terus dan penyempurnaan terus berlangsung. Kelancaran proses belajar mengajar di AMIK akan terjamin bila memiliki kampus sendiri. Dan alhamdulillah, sebagai penyelenggara, Yayasan Widya Cipta Dharma telah berhasil membangun gedung untuk kegiatan akademik di Jl. M. Yamin no. 14, Samarinda pada tahun 1991. Dengan demikian, AMIK telah memiliki kampus sendiri dan sejak pertengahan tahun 1992, kegiatan kuliah dan praktek laboratorium telah menggunakan gedung sendiri di kampus tersebut. Disamping itu kelengkapan akademik juga disempurnakan dengan mendatangkan dosen-dosen yang memiliki keahlian di bidang komputer, melengkapi perpustakaan dengan buku-buku komputer serta melengkapi dan meningkatkan kualitas laboratorium komputer yang telah memperoleh verifikasi dari Institut Teknologi Sepuluh Nopember Surabaya ( ITS ).

Jenjang studipun berubah/bertambah. Sejak tahun akademik 1993/1994 Short Course satu tahun untuk program studi Perbankan dan Akuntansi diganti dengan program Diploma Satu (D1) program studi Manajemen Informatika dan program Diploma Dua (D2) program studi Manajemen Informatika. Keduanya berstatus terdaftar. Pada tahun akademik 1995/1996 dibuka program Strata Satu (S1) jurusan Manajemen Informatika (MI). Peningkatan status akademik menjadi sekolah tinggi, yaitu AMIK menjadi Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer (STMIK) berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 05/D/O/1995 dan telah diresmikan oleh Bapak Wakil Gubernur Kalimantan Timur, Bapak Suwarna A.F., pada tanggal 30 Maret 1995.

Pada tanggal 5 Januari 1996, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia melalui Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, mengeluarkan SK No. 09/DIKTI/KEP/1995 tentang pemberian status terdaftar kepada program studi Teknik Informatika untuk jenjang studi Strata Satu (S1). Dengan demikian pada perkembangannya STMIK Widya Cipta Dharma memiliki dua program studi, yaitu Teknik Informatika (TI) untuk jenjang S1 dan Manajemen Informatika (MI) untuk jenjang D1, D2, D3 dan S1.

Dalam upaya untuk menyempurnakan lembaga dan sejalan dengan usaha antisipasi menghadapi era perdagangan bebas yang akan datang, pada tanggal 19 Pebruari 1997 telah dilaksanakan penandatanganan Piagam Kerjasama antara Universitas Gunadarma dengan Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer Widya Cipta Dharma di Auditorium Universitas Gunadarma, Jakarta.Ikut serta menandatangani piagam kerjasama tersebut ialah Koordinator Kopertis Wilayah III ( Prof. dr. Arjatmo Tjokronegoro, Ph.D ), Koordinator Kopertis Wilayah XI ( Prof. H. Masrani Basri, SE ) dan Direktur Perguruan Tinggi Swasta (Prof. Ir. Joetata Hadihardaja). Penandatanganan ini disaksikan pula oleh Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur, yang diwakili oleh Asisten III, Bapak Drs. H. A. Waris Husain.

Penyesuaian kurikulum terus dilakukan pada tingkat pusat di Departemen Pendidikan Nasional. Melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI tahun 1999 terjadi perubahan kurikulum untuk program studi S1 Manajemen Informatika. Dengan perubahan ini maka nama program studi S1 Manajemen Informatika berubah menjadi S1 Sistem Informasi disingkat SI. Sedangkan program studi Manajemen Informatika jenjang Diploma (D1,D2 dan D3) dan Teknik Informatika jenjang Strata Satu (S1) tidak terjadi perubahan atau tetap mengacu pada kurikulum lama.

Pada tanggal 26 Juni 2000 bertempat di kampus STMIK Widya Cipta Dharma telah dilakukan penandatanganan kerjasama antara Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer (STMIK) Dian Nuswantoro Semarang dengan Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer (STMIK) Widya Cipta Dharma.

Pembentukan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) merupakan usaha pemerintah menjawab perkembangan masyarakat dewasa ini yang menuntut Penilaian Perguruan Tinggi dilaksanakan lebih efisien dan efektif. Alhamdulillah, atas Rahmat Allah SWT, di tahun millenium yang patut disyukuri, terbit SK dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi tentang status terakreditasi dengan Nomor : 242/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S1/VII/2013 untuk program studi S1 Sistem Informasi (dahulu S1 Manajemen Informatika) dan SK dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi tentang status terakreditasi dengan Nomor : 262/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2014 untuk program studi S1 Teknik Informatika. Dengan berlakunya surat keputusan ini maka pelaksanaan proses belajar mengajar pada dua program studi tersebut berjalan secara mandiri, artinya mulai dari pelaksanaan kuliah, ujian dan sampai pada kelulusan mahasiswa dilaksanakan sendiri oleh STMIK Widya Cipta Dharma. Implikasi yang lebih konkret dari status akreditasi ini adalah tidak dilaksanakannya lagi ujian negara cicilan (UNC) dari Kopertis.

Sejumlah nama yang tergabung dalam TIM BORANG turut berjasa bagi kelahiran status terakreditasi ini diantaranya : Dr. H. Istyantho, Sp. OG, Prof. DR. Ristono, MS, H. Tommy Bustomi, S.Kom. H.A. Gaffar, Asn, SE, Ir. Fahrul Agus, MT., Ita Arfyanti, S.Kom. Drs. Azahari Lathyf, Awang Harsa K, S.Kom, Ambrilsyah Noor., S.Kom dan Martono, S.Kom.

Setelah jenjang S1 terakreditasi, menyusul jenjang Diploma tiga (D3) Terakreditasi. Dengan memanjatkan puji syukur kehadirat Tuhan YME, berdasarkan surat keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Program Studi Manajemen Informatika (MI) Terakreditasi dengan Nomor : 117/SK/BAN-PT/Akred/Dpl-III/V/2014 dengan nilai B (yang berlaku 5 tahun). Dengan demikian, semua jenjang terakreditasi (D3-MI, S1-SI dan S1-TI).

Kementerian Komunikasi dan Informasi Republik Indonesia pada tanggal 26 Agustus 2003 telah menunjuk STMIK Widya Cipta Dharma sebagai Center Of Excellence (Pusat Studi Unggulan) di Kalimantan Timur. Dan pada tanggal 9 Juli 2004 bertempat di Fakultas Ilmu Komputer (Fasilkom) Universitas Indonesia Jakarta telah ditandatangani perjanjian kerjasama antara Universitas Indonesia dan STMIK Widya Cipta Dharma dalam pembelajaran jarak jauh berbasis teknologi informasi dan komunikasi.

Pada tahun 2007 program studi Sistem Informasi berhasil menjadi salah satu penerima bantuan Program Hibah Kompetisi (PHK) A1. Program ini diterima dan berhasil dilaksanakan untuk tahun 2007 dan 2008 yang digunakan untuk perbaikan sistem informasi dan tata kelola program studi Sistem Informasi.

Pada tahun 2015 STMIK Widya Cipta Dharma Terakreditasi Institusi B (Sangat Baik) dengan No SK: 518/SK/BAN-PT/Akreditasi/PT/VI/2015 Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi.Dengan mendapatkan Akreditasi Nilai B tersebut membuktikan bahwa kualitas STMIK Widya Cipta Dharma telah diakui, baik dari segi prasarana dan sarana, manajemen, kurikulum, serta hasil penelitian dan prestasi yang dihasilkan baik oleh mahasiswa dan dosen STMIK Widya Cipta Dharma. Dengan motto “STMIK Widya Cipta Dharma Mencetak Generasi Unggul” maka institusi ini berupaya meningkatkan kualitas SDM di bidang teknologi informasi bagi masyarakat Kalimantan Timur khususnya dan bangsa Indonesia pada umumnya.